Bệnh viện Mắt tỉnh Ninh Bình được thành lập ngày 24/9/2009, theo Quyết định số 1112/QĐ-UBND của Ủy ban nhân dân tỉnh Ninh Bình, trên cơ sở sát nhập Khoa Mắt của Trung tâm Phòng chống bệnh Xã hội và Khoa Mắt của Bệnh viện đa khoa tỉnh Ninh Bình.
Hiện tại, Bệnh viện Mắt tỉnh Ninh Bình là Bệnh viện chuyên khoa tuyến tỉnh hạng II, trực thuộc Sở Y tế, quy mô 80 giường bệnh kế hoạch (thực kê 120 giường), bệnh viện có 7 khoa, phòng, 70 CBNV. Từ năm 2019, bệnh viện thực hiện tự chủ 100% kinh phí chi thường xuyên.
Sau 15 năm thành lập và phát triển, được sự quan tâm lãnh đạo, chỉ đạo và ủng hộ của các cấp các ngành trong tỉnh, Bệnh viện Mắt Trung ương, các tổ chức Quốc tế, người dân nói chung và người bệnh nói riêng, cùng với sự cố gắng nỗ lực phấn đấu không ngừng của tất cả CBNV và người lao động trong toàn đơn vị, Bệnh viện Mắt tỉnh Ninh Bình đã đạt được nhiều thành tích trên tất cả các lĩnh vực, hoàn thành tốt nhiệm vụ được giao, góp phần vào thành tích chung trong công tác phòng chống mù lòa của cả nước và góp phần thực hiện hoàn thành các mục tiêu kinh tế xã hội của tỉnh.